Tiếng Java là một phần của nhánh Mã Lay-Đa Đảo thuộc ngữ hệ Nam Đảo, mặc dù mối quan hệ chính xác của nó với các ngôn ngữ Mã Lay-Đa Đảo khác rất khó xác định. Sử dụng phương pháp từ thống kê từ vựng, Isidore Dyen đã phân loại tiếng Java là một phần của "Javo-Sumatra Hesion", cũng bao gồm tiếng Sunda và nhóm ngôn ngữ "Mã Lai".[lower-alpha 1][4][5] Nhóm này cũng được gọi là "Mã Lai-Java" bởi nhà ngôn ngữ học Berndt Nothofer, người đầu tiên cố gắng phục dựng nó chỉ dựa trên bốn ngôn ngữ được ghi nhận tốt nhất vào thời điểm đó (Java, Sunda, Madura và Mã Lai).[6]

Nhóm ngôn ngữ Mã Lai-Java đã bị phê bình và bác bỏ bởi các nhà ngôn ngữ học khác.[7][8] Alexander Adelaar không đưa tiếng Java vào trong nhóm Mã Lai-Sumbawa (bao gồm các ngôn ngữ Mã Lai, tiếng Sunda và tiếng Madura) đề xuất của ông.[8][9] Robert Blust cũng không đưa tiếng Java vào trong phân nhóm Đại Bắc Borneo (một đề xuất mà ông đặt ra để thay thế nhóm Mã Lai-Sumbawa). Tuy nhiên, Blust cũng cho rằng có khả năng các ngôn ngữ Đại Bắc Borneo (GNB) có liên quan chặt chẽ với nhiều ngôn ngữ miền Tây khác của Indonesia, bao gồm cả tiếng Java.[10] Gợi ý của Blust đã được Alexander Smith xem xét kỹ lưỡng hơn. Smith đưa tiếng Java vào trong nhóm Tây Indonesia (bao gồm cả GNB và một số nhóm khác), mà ông coi là một trong những nhánh chính của ngữ tộc Mã Lai-Đa Đảo.[11]